############
############
############ 9 elements of STA1
############	Text after the first pipe of the fasta ID line represents either a biopieces command (www.biopieces.org) to obtain the sequence or the multalin citation.
############

> chr2_53943-54143 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_2 -b 53943 -e 54143 | complement_seq | reverse_seq
TGGTTTGGACACATAAAAGTATGGAAAAGTCTAGAATTTTACCATGGTTTGGAGTCCTAGACTTTTTCAGCTGTGATAGGCTATGTCGAGCTGTGACAGGGTCCCTCGAGGTGTGATAGCGTCCCTCTAGCTATGAACTATTGGTCCTCAAACTTTCACAAAAAAATATTACCATACCTTGAAACACATGGAATTTTACTA

> chr2_54144-54343 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_2 -b 54144 -e 54343 | complement_seq | reverse_seq 
TGGTTTGGACACATAAAAGTATGGAAAAGGCTAGAATTTTACCATGGTTTGGAGTCCTAGACTTTTTCAGCTGTGATAGGCTATCTCGAGCTGTGACAAGGTCCCTCGAGGTGTGATGGGGTCCCTCTAGCTATGAACTATTGGTCCTCAAGCTTTCACAAAAAAATATTACCATACCTTGAACATATGGAATTTTAATA

> chr2_54344-54524 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_2 -b 54344 -e 54524 | complement_seq | reverse_seq 
TGGTTTCTACACATAAAAGTATGAAAAAGTCTAGAATTTTACCATGGTTTGGAGTGCTAGACTTTTTCAGCTGTGATAGGCTCTCTCGAGCTGTGATAGGGTCCCTCTAGCTATGACCTATTGGACCTCAAGCTTTCACAAAAAAAATATTACCATACCTTGAACACATGGAATTTTACTA

> chr7_47381-47580 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_7 -b 47381 -e 47580
TGGTTTGGACTCATCAAAGTATGGAAAAGTCTAGAATTTTACCATGGTTTGGAGTCCTAGACTTTTTCACCTGTGATAGGGTCTCTCGAGCTATGATAGGGTCTCTCGAGGTGTGATAGGGTCCCTCTAGCTATGAAATATTGGTCCTCAAGCTTTCACAAAAAAATAATACCATACCTTGAACACATTGAATTTTAGTA

> chr7_47581-47782 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_7 -b 47581 -e 47782 
TGGTTTGGACACATAAAAGTATGGAAAAGTCTAGAATTTTACCATGGTTTGGAGTCCTTGACTTTTTCACCTGTGATAGGCTCTCTCGAGCTATGATAGGGTCTCTCGAGGTGTGATAGGGTCCCTCTAGCTATGAACTATTGGTCCTCAAGCTTTCACAAAAAAAAATATTACCATACCTTGAACACATGGAATTTTACTA

> chr7_47783-47963 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_7 -b 47783 -e 47963
TGGTTTGGACACATAAAAGTATGAAAAAGTCTAGAATTTTACCATGGTTTGGAGTCCTAGACTTTTTCAGCTGTGATAGGCTCTCTCGAGCTGTGATAGGGTCCCTCTAGCTATGACCTATTGGTCCTCAAGCTTTCACAAAAAAAATATTACCATACCTTGAACACATGGAATTTTACTA

>chr9_8128-8306 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_9 -b 8128 -e 8306 | complement_seq | reverse_seq
TGGTTTGGACACATAAAAGTATGGAAAAGTCTAGAATTTTACCATGGTTTGGAGTCCTAGACTTTTTCAGCTGTGATGGCTCTCTCGAGCTGTGATAGGGTCCCTCTAGCTATGACCTATTGGTCCTCAAGCTTTCACAAAAAAATATTACCATACCTTGAACACATAGAATTGTACTA

>chr9_8307-8487 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_9 -b 8307 -e 8487 | complement_seq | reverse_seq
TGGTTTGAACACATAAAAGTATGGAAAAGTCTAGAATTTTACAATGGTTTGGAGTCCTAGACTTTTTCAGCTGTGATAGGCTCTCTCGAGCTGTGATAGGGTCTCTCTAGCTATGACCTATTGGTCCTCAAGCTTTCACAAAAAAAATATTACCATACCTTGCACACATGAAATTTTACTA

>chr9_8488-8667 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_9 -b 8488 -e 8667 | complement_seq | reverse_seq
GGTTTGGACACATAAAAGTATGGAAAAGTCTAAAATTTTACCATGGTTTGGAGTCCTAGACTTTTTCAGCTGTGATAGGCTCTCTCGAGCTATGATAGGGTCCCTCTAGCTATGACCTATTGGTGCTCAAGCTTTCACAAAAGAAATATTACCATACCTTGAACACATGGAATTTTACTA

>STA1 consensus | obained via multalin (Corpet et al 1988 Nucl Acids Res) of the above sequences
tGGTTTggACACATAAAAGTATGgAAAAGTCTAgAATTTTACcATGGTTTGGAGTcCTAGACTTTTTCAgCTGTGATaGGCTcTCTCGAGCTgTGATAGGGTCcCTCTAGCTATGAcCTATTGGtcCTCAAGCTTTCACAAAAaAAaTATTACCATACCTTGaACACATggAATTtTAcTA

############
############ 9 elements of STA2
############	Text after the first pipe of the fasta ID line represents either a biopieces command (www.biopieces.org) to obtain the sequence or the multalin citation.
############

>chr7_65495504-65495680 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_7 -b 65495504 -e 65495680 | complement_seq | reverse_seq
TGGTATGGACACATGAAATATGGTTAAGTCGAGATTTTTACTATGGTTTGGAGTCATGAAATTTCGAGGCGTCACAGGCAAGGCCCTATAGGTGTGACAAGGTGTGACAAGGGTCCGATAGCTGTGACAGGCTGTGACAAGGGTCCTATACCTATGACAGGATGTGACAAAGATTCT

>chr7_65495681-65495857 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_7 -b 65495681 -e 65495857 | complement_seq | reverse_seq
TGGTATGGACACATGAAATATGGTTAAGTCTAGATTTTTACCATGGTTTGGAGTCATTAAATTTTGAGGTGTCACAGGCAAGGCCCTACAGGTGTGACAAGCTGTGACAAGGGTCCGATAGCTGTGACAGGCTGTGACAAGGGTCCTATACCTATGACAGGCTGTGACAAGGGTTCT

>chr7_65495858-65496034 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_7 -b 65495858 -e 65496034 | complement_seq | reverse_seq
TGGTATGGACACATAAAATATGGTTAAGTCTAGATTTTTACCATGGTTTGGAGTCATGAAATTTCGAGGTGTCACAGGCAAGGCCCTATAGGTGTGACAAGATATGACAAGGGTCCGATAGCTGTGACAGGCTGTGACAAGGGTCCTATACCTATGACAGGCTGTGACAAAGATTCT

>chr9_59414161-59414337 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_9 -b 59414161 -e 59414337 | complement_seq | reverse_seq
TGGTATGGACATATGAAATATGGTTAAGTCTAGATTTTTACCATGGTTTGGAGTCATGAAATTTTGAGGTGTCACAGACGAGGCCCTATAGTTGTGACAAGCTGTGACAAGGGTCCGATAGCCGTGACAGGCTGTGACAAGGGTTCTATACCTATGACGGGTCGTGACAAGGATTCT

>chr9_59414338-59414514 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_9 -b 59414338 -e 59414514 | complement_seq | reverse_seq
TGGTATAGACACATGAAATATGGTTAAGTCTAGATTTTTACCATGGTTTGGAGTCATGAAATTTCGAGGTGTCACAGACGAGGCCCTATAGGTGTGACAAGCTGTGACAAGGGTCTAATAGCTGTGATAGGCTGTGACAAGGGTCCTACACCTATGACAGGCTGTGACAAGGATTCT

>chr9_59414515-59414691 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_9 -b 59414515 -e 59414691 | complement_seq | reverse_seq
TGGTATAGACACATGAAATATGGTTAAGTCTAGATTTTTACCATGGTTTGGAGTCATGAAATTTCGAGGTGTCACAGACGAGGCCCTATAGGTGTGACAAGCTGTGACAAGGGTCTAATAGCTGTGATAGGCTGTGACAAGGGTCCTATACCTATGACAGGCTATGACAAGGATTCT

>chr4_35658-35834 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_4 -b 35658 -e 35834
TGGTATTGACACATGAAATATGGTTAAGTCTAGATTTTTACCATGGTTTGGAGTCATGAAATTTCGACGTGTCACAGACAAGGCCCTATAGGTGAGATAAGTTGTGACAAGGGTCTGATAGCTGTGACAGGCTGTGACAAGGGTCCTATACCTATGACACACTATGACAAGAATTCT

>chr4_35835-36011 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_4 -b 35835 -e 36011
TGGTATAAACACATGAAATATGGTAAAGTCTAGATTTTTACCATGGTTTGGAGTCATGAAATTTCGAGGGGTCACAGACAAGGCCCTATGGGTGTGACAAGCTGTGACAAGGGTCCGATAGCTGTGACAGGCTGTGACAAGGGTCCTATACCTATGACAGGCTATGACAAGGATTCT

>chr4_36012-36188 | get_genome_seq -gSbi3 -c chromosome_4 -b 36012 -e 36188
TGGTATGGAAACATGAAATATGGTTAAGTCTAGATTTTTACCATGGTTTGGAGTCATGAAATTTCGAGGGGTCATAGACAAGGCCCTATAGGTGTGACAAGCTGTGACAAGGGTTCGATAGCTGTGACAGGCTGTGACAAGGGTCCTATACCTATGACAGGTTGTGACAAGGATTCT

>STA2 consensus | obained via multalin (Corpet et al 1988 Nucl Acids Res) of the above sequences
TGGTATggAcAcATGAAATATGGTtAAGTCTAGATTTTTACCATGGTTTGGAGTCATgAAATTTcGAgGtGTCAcAGaCaAGGCCCTAtaGgTGtGAcAAGcTGTGACAAGGGTccgATAGCtGTGAcAGGCTGTGACAAGGGTcCTATACCTATGACaggctgTGACAAggaTTCT